Trong vùng làng xã nông thôn, hoạt động thương mại cũng chỉ nhằm trao đổi nông sản và hàng tiểu thủ công ở các chợ. Ở đó, ngoài những cửa hàng tạp hóa quy mô nhỏ hay các cửa tiệm bán thuốc Bắc, còn có những nông dân bán thổ sản và nông sản của mình và một số thương nhân nhỏ bán vải vóc, hàng xén, cau thuốc, đi rong từ chợ này sang chợ khác.

Việc mua bán giữa các tỉnh được đẩy mạnh: gạo được chở bán từ Gia Định ra miền Trung, hàng thủ công miền Bắc được chở vào bán trong Nam[1].

Ở Kẻ Chợ trong thế kỷ 19 các thương khu (phường hội) đã thay đổi bản chất. Giữa thế kỷ 19 thì các thương khu đã thoát ly khỏi trạng thái chợ phiên có kỳ hạn và đã có thương gia cùng thợ thuyền cư trú thường xuyên. Thị trấn Thanh Hoá được bắt đầu xây dựng đầu thời Gia Long và tới năm 1885 đã là một trung tâm thương mại.

Ở kinh đô Huế, thời Gia Long cư dân ở chen chúc thường hay có hoả hoạn nên năm 1837, triều đình đã cho chỉnh trang lại đồng thời lập chợ Gia Hội có tất cả 399 gian, dài suốt hơn 319 trượng, tất cả đều có cột bằng gạch, xây bằng vôi[4]. Ở Huế, Michel Đức Chaigneau cho biết "người Tàu và người Việt buôn bán rất lớn. Thuyền buôn Trung Quốc chở đến vải vóc, đồ sứ, trà, thuốc Bắc, đồ chơi... và chở về thổ sản như cau khô, tơ sống, gỗ, sơn, sừng tê và ngà voi."

Những trung tâm thương mại từ cuối thế kỷ 18 cũng vẫn tiếp tục hoạt động trong thế kỷ 19. Hội An theo thuyền trưởng Rey "tương tự 1 Bazar lớn của Ấn Độ" với khoảng 60.000 dân mà 1/3 là Hoa kiều. Hàng năm có những thuyền buồm Trung Hoa lường đến 600 tấn tới buôn bán[5].

Việc buôn bán bị hạn chế bởi hệ thống thuế khá nặng: gạo chở từ Nam Định vào Nghệ An chịu 9 lần thuế; các thuyền buôn còn bị triều đình trưng dụng, cứ chở việc công 1 năm mới lại được đi buôn 1 năm[1].